De strijd tegen COVID-19 wordt gevoerd in ziekenhuizen, in laboratoria, met allerlei maatregelen opgelegd door de overheid, met gezond verstand, maar ook op supercomputers. De Vlaamse universiteiten stellen hun rekeninfrastructuur ter beschikking van onderzoekers en bedrijven in de strijd tegen het coronavirus, onder meer om het effect van social distancing te bestuderen.
Het VSC – Vlaams Supercomputer Centrum – is een samenwerking tussen de vijf Vlaamse universiteiten, die lokaal grote rekeninfrastructuur ter beschikking stellen van alle onderzoekers. Zo heeft CalcUA, de kernfaciliteit verantwoordelijk voor het beheer en de ondersteuning van de rekeninfrastructuur aan de Universiteit Antwerpen, gebruikers in acht van de negen faculteiten, naast externe gebruikers uit onderzoeksinstellingen en bedrijven. Daarnaast is er ook nog de Vlaamse supercomputer BrENIAC.
Oproep naar rekencapaciteit
Bij CalcUA lopen er momenteel vragen binnen van onderzoekers die de lokale rekeninfrastructuur willen gebruiken in de strijd tegen het coronavirus. Ook de Vlaamse supercomputer BrENIAC is bijzonder gegeerd. In normale omstandigheden moeten onderzoekers een projectaanvraag indienen voor gebruik van veel rekentijd (het equivalent van tien jaar of meer rekenen op een gewone PC) op die Vlaamse supercomputer. Het spreekt voor zich dat we, in de huidige situatie, geen paar maanden kunnen wachten op een volgende aanvraagronde.
Dit heeft het VSC en FWO (Fonds Wetenschappelijk Onderzoek) ertoe aangezet om een oproep te lanceren naar onderzoekers aan universiteiten en bedrijven. De volgende acht weken wordt voor COVID-19-projecten rekencapaciteit gereserveerd op de Vlaamse supercomputer. Daarnaast kunnen onderzoekers ook nog steeds rekentijd aanvragen op de lokale rekeninfrastructuur in de universiteiten.
The Sims en social distancing
Onderzoekers aan verscheidene faculteiten van de Universiteit Antwerpen maken gretig gebruik van deze beschikbare infrastructuur.
“Wij simuleren de verspreiding van COVID-19 in een virtuele populatie – een beetje zoals The Sims, het videospel – om het effect van social distancing op de coronacrisis na te gaan, en hoe we deze in fases kunnen opheffen. De VSC-cluster laat ons toe om héél veel verschillende scenario’s te testen op korte tijd.”
Lander Willem, onderzoeker bij CHERMID (Centre for Health Economics Research and Modelling Infectious Diseases)
“We zijn met onze groep, en ook met het Instituut van Tropische Geneeskunde in Antwerpen, betrokken bij de voorbereiding van een Europees project rond COVID-19. Binnen deze context is mij gevraagd om de drug design tools die ik toepas binnen een van mijn andere projecten, ook toe te passen op het protease van COVID-19.”
Hans De Winter, onderzoeker bij UAMC (Medicinal Chemistry)
We hopen van harte dat het gebruik van de UAntwerpen en Vlaamse rekeninfrastructuur deze wereldwijde crisis mee kan helpen bedwingen.